Para nadie es un secreto que los perros habitaban en México desde antes de la llegada de los españoles. Incluso es casi un hecho que el perro llegó a México antes de que lo hiciera a Europa, África y Sudamérica, ya que una de las teorías más aceptadas afirma que el perro surgió de la domesticación del lobo en el noreste de Asia hace unos 15,000 años, y que de ahí se extendió alrededor del mundo, llegando a América con los primeros hombres en cruzar el Estrecho de Bering.
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Las evidencias más antiguas de perros habitando en México datan de hace aproximadamente 8,000 años, en restos de huesos y figurillas encontradas en el Estado de México.
En la actualidad se reconocen dos razas como mexicanas: El perro chihuahueño y el xoloitzcuintle.
Sin embargo, muchos investigadores coinciden en que antes de la llegada de los españoles existían al menos tres razas distintas que fueron utilizadas por las culturas mesoamericanas en rituales, sacrificios y como alimento. Estas razas eran: El itzcuintli (perro en náhuatl), el tlalchichi (perro de piso en náhuatl) y el xoloitzcuintle (perro arrugado en náhuatl).
Se cree que hasta hace unos 1,500 años sólo existía un tipo de perro en México, durante el auge de Teotihuacán. Era un perro con el cuerpo cubierto de pelo y de dimensiones normales, pero este dio origen algunos años después a las tres razas mencionadas en el punto anterior, las cuales al parecer ya eran conocidas y diferenciadas por los toltecas hace cerca de 1,000 años.
Estas tres razas fueron descritas por Fray Bernardino de Sahagún en el Códice Florentino. El itzcuintli tenía pelo abundante, orejas caídas y cola esponjada, el xoloitzcuintle es el perro pelón, similar el que conocemos actualmente, y el tlalchichi (o techichi) era un perro pequeño, de hocico afilado con pelo y orejas erguidas, del cual se cree que desciende el actual chihuahueño.
En los años posteriores a la Conquista, no se tiene mucha información sobre estos perros, por lo que se cree que el xoloitzcuintle sobrevivió en comunidades apartadas, hasta que a principios del siglo pasado fue redescubierto y valorado como una raza mexicana. Actualmente es reconocido por la mayoría de asociaciones caninas importantes, aunque es poco conocido fuera de México.
El origen del chihuahueño sigue siendo confuso, pero se sabe que a mediados del siglo XIX se encontraron ejemplares cerca de Casas Grandes, Chihuahua, de donde viene su nombre, y a diferencia del xolo se ha vuelto una raza muy popular en el mundo.
Algunos investigadores creen que el chihuahueño no es de origen mexicano, sino que desciende de una raza de perros pequeños de la isla de Malta, en el mediterráneo. Otros creen que proviene de China o Egipto.
El chihuahueño es reconocido como la raza de perro más pequeña existente y ostenta el récord Guinness al perro vivo más pequeño con Boo Boo. Un chihuahueño hembra de cinco años, de sólo diez centímetros de alto, 16.5 de largo y con un peso de 680 gramos.
El itzcuintli, el perro más abundante en la época prehispánica y el antecesor del xoloitzcuintle -y quizás del chihuahueño también-, aún habita en México bajo el mal término de «perro criollo», y es menospreciado como un animal corriente. Es el típico ejemplar que nos encontramos de color amarillo o bermejo, orejas caídas, cráneo alargado no robusto y cola con pelo abundante, éste ha habitado nuestro país en los últimos 8,000 años. («Estudio del perro mesoamericano», Dr. Valadez Azúa).
En mesoamérica también se practicó la cruza entre lobos y perros para obtener especies híbridas, llamadas loberros.