A pesar de la idea que se tiene de excelente salud gozada por los habitantes del México prehispánico antes de la llegada de Cortés, aquellas culturas también conocieron las epidemias que, aunque no diezmaron a la población en la magnitud en que lo hicieron las traídas por los españoles, sí ocasionaron problemas muy graves.
Para 1446, por ejemplo, durante la gran inundación que motivó a Nezahualcóyotl la construcción del dique que separaba las aguas dulces y saladas del lago del Valle de México, se registró una plaga de langostas y grandes problemas por sequías y escasez (Códice Chimalpahin).